解：A、B、两个小球分别做上抛、下抛运动，只有重力做功，重力做功相同，为mgh，故动能的增加量相同，初动能相同，故末动能也相同；故A错误，B错误；

C、两个小球分别做上抛、下抛运动，只有重力做功，机械能守恒，初位置机械能相同，故落地时的机械能也相同，故C正确；

D、重力势能变化量为：△Ep=mgh；也是相同的；故D错误；

故选：C．

【考点精析】认真审题，首先需要了解动能定理的综合应用(应用动能定理只考虑初、末状态，没有守恒条件的限制，也不受力的性质和物理过程的变化的影响.所以，凡涉及力和位移，而不涉及力的作用时间的动力学问题，都可以用动能定理分析和解答，而且一般都比用牛顿运动定律和机械能守恒定律简捷)，还要掌握机械能守恒及其条件(在只有重力（和弹簧弹力）做功的情形下，物体动能和重力势能（及弹性势能）发生相互转化，但机械能的总量保持不变)的相关知识才是答题的关键．