1、一般植物和个体小、活动能力小的动物以及虫卵常用的是样方法；2、活动能力大的动物常用标志重捕法；3、肉眼看不见的细菌、酵母菌等微生物（或血细胞）常用抽样检测法。

A、农田中的田鼠活动能力强，活动范围广，宜采用标志重捕法调查其种群密度，A错误；

B、太湖中的鲫鱼宜采用标志重捕法调查其种群密度，B错误；

C、城市中的乌鸦活动能力强，活动范围广，宜采用标志重捕法调查其种群密度，C错误；

D、棉株上的蚜虫活动能力弱，应用样方法调查其种群密度，D正确。

故选D。