估算种群密度时，常用样方法和标记重捕法，其中样方法适用于调查植物或活动能力弱，活动范围小的动物，而标记重捕法适用于调查活动能力强，活动范围大的动物。标志重捕法的计算公式：种群中的个体数=第一次捕获数×第二次捕获数标志后重新捕获数。

A、用样方法调查某植物时，样方边上的个体不应全部计数，一般遵循“计上不计下，计左不计右”的原则，A错误；

B、对于蚜虫、昆虫卵等应采用样方法调查其种群密度，B错误；

C、随机取样调查某植物，若某个样方计数为0，不应舍去，C错误；

D、采用标志重捕法时，个体被捕捉的概率应相等，D正确。

故选：D。