1、基因频率是指在一个种群基因库中，某个基因占全部等位基因数的比率。群体中某一特定基因的频率可以从基因型频率来推算。

2、分析表格中的数据可知，在种群1中基因型为AA的个体不能适应生存环境，种群2中基因型为aa的个体不能适应生存环境。

A、由分析可知，在种群1中，由于基因型为AA的个体被淘汰，A基因频率将减小，种群2中基因型为aa个体被淘汰，a基因频率将减小，A基因频率将增大，A正确；

B、若种群1中A基因频率变化，是自然环境对不同基因型的个体的选择，B错误；

C、种群1和种群2的基因频率不断改变，可能会导致生殖隔离，产生两个新物种，C正确；

D. 种群2只有AA、Aa基因型的原因是aa基因型的个体不适应生存环境被淘汰，D正确

故选B