分析题意可知：番茄易软化受两对基因A、a和B、b抑制，遵循基因的自由组合定律，由于A基因的表达受基因B的抑制，所以易软化番茄的基因型为A_ B-B-。

基因型为AaB+B-的植株自交，后代基因型为A_ B_、A_ B-B-、aaB_、aaB- B-，比例为9:3:3:1，其中，抗软化耐贮藏番茄为A_ B_、aaB_、aaB-B-，占13/16，易软化不耐贮藏番茄为A_ B-B-，占3/16。

故选A。