由题意可知：控制翅型的基因，长翅受M和N两个显性基因控制，m基因控制小翅，n基因控制残翅，两对基因独立遗传，说明这两对基因遵循自由组合定律，F1全为长翅果蝇，F1的雌雄果蝇随机交配，F2中长翅：小翅：残翅=9：3：4，且小翅果蝇均为雄性，说明某基因与性别相关联，属于伴性遗传，由于m基因控制小翅，且小翅果蝇均为雄性，因而M、m基因位于X染色体上。

(1)根据题意分析，M、m基因位于X染色体上。由于F1长翅果蝇，亲本又是纯合子，残翅雌果蝇nnXMXM与小翅雄果蝇NNXmY；F1为NnXMXm、NnXMY；F2长翅果蝇中，雌性全为长翅，雄性一半为长翅，雌雄果蝇的比例为雌性：雄性=2：1。

(2)根据F2中残翅果蝇的比例，推测当n、m基因同时存在时果蝇表现为残翅，遗传学上把这种现象称为“隐性上位”。

①为了证明n基因对m基因具有“隐性上位”效应，该研究小组让F2中残翅雄果蝇（nnXmY、nnXMY）和纯合的小翅雌果蝇(NNXmXm)杂交得F3，让每个杂交组合得到的F3中的雌雄果蝇相互交配得F4，若F4果蝇的表现型及比例为小翅：残翅=3：1（或长翅：小翅：残翅=3：3：2），则可以说明n基因对m基因具有“隐性上位”效应。

②若n基因对m基因具有“隐性上位”效应，则F2中长翅雌果蝇（1/9NNXMXM、1/9NNXMXm、2/9NnXMXM、2/9NNXMXm）雄果蝇（1/3NNXMY、2/3NNXmY）随机交配，子代为小翅果蝇的概率为1/9。