解答本题的关键是：根据F1的性别比例为雌性：雄性=2：1，可判断出：(1)一半的雄性死亡；(2)母本产生两种雌配子，则母本为杂合子。据此可根据亲代表现型判断野生型为隐性性状，突变型为显性性状和基因在X染色体上。

A、正常情况下，果蝇杂交后代雌雄比例相等，根据F1的性别比例为雌性：雄性=2：1，可判断一半的雄性死亡，则突变基因位于X染色体上。母本产生两种雌配子，则母本为杂合子，野生型为隐性性状，突变型为显性性状，A错误；

B、父本为野生型雄性，则只含有突变基因的雄果蝇致死，B错误；

C、F1的雌雄果蝇中，雄性均为野生型，雌性突变型：野生型=2:1，C错误；

D、让F1中雌雄果蝇自由交配，则F2中雄果蝇有1种表现型，D正确；

故选：D。