①双亲都是白化病患者，其基因型都是aa，婚配产生的后代也都是aa，所以一般不会生出正常孩子，①正确；

②若两只杂合豚鼠交配，后代出现白豚鼠，原因是减数分裂时等位基因分离，产生后代量出现了性状分离，②错误；

③某基因中含1200个碱基，则mRNA中含600个碱基，而在mRNA中，每相邻的3个碱基决定1个氨基酸，所以氨基酸最多为200个，又由于mRNA中含有的终止密码不决定氨基酸，因此该基因控制合成的多肽中氨基酸的个数肯定少于200个，③正确；

④灰身长翅果蝇与黑身残翅果蝇杂交，如果非等位基因在减数第一次分裂中发生了自由组合，则后代果蝇中灰身长翅、黑身残翅、灰身残翅、黑身长翅各占25%，④错误；

故选C。