种群是生活在一定自然区域内、所有同种生物个体的综合；调查种群密度的常用方法有样方法和标记重捕法，样方法主要用于调查植物或活动能力小的动物，标志重捕法常用于调查活动能力强，活动范围广的动物；生物多样性包括基因多样性、物种多样性和生态系统多样性三个层次。进化的证据有化石、比较解剖学、细胞学、基因学、生物化学等等。

【1】调查植物多样性和种群密度都可用样方法，同一空间的相同物种的总和称为种群。

【2】生物多样性分遗传多样性、物种多样性、生态系统多样性，不同草种之间的差异属物种层次的多样性；这些草种细胞内细胞色素c的氨基酸序列差异是生物进化的生物化学方面的证据。

【3】从表3数据分析可见，多样性的各种指标都呈现先略微升高后下降的趋势。

故选E。

本题以生物进化与多样性为背景，以表格形式考查学生数据分析能力和判断能力，难点是分析表格中的数据得出结论。