A、噬菌体侵染细菌的过程中，合成新噬菌体的蛋白质外壳所需原料和酶来自细菌，模板来自噬菌体，A错误；

B、模板来自噬菌体，氨基酸原料来自细菌，B错误；

C、噬菌体侵染细菌的过程中，只有DNA进入细菌，所以指导蛋白质合成的DNA来自噬菌体，核糖体、氨基酸原料和酶，由细菌提供，C正确；

D、指导蛋白质合成的DNA来自噬菌体，氨基酸原料来自细菌，D错误。

故选C。