解：等位基因（allele又作allelomorph）一般指位于一对同源染色体的相同位置上控制着相对性状的一对基因．若成对的等位基因中两个成员完全相同，则该个体对此性状来说成为纯合子．若两个等位基因各不相同，则该个体对该性状来说是杂合子．EE、ee是成对的等位基因中两个成员完全相同的纯合体；Ee是成对的等位基因中两个成员完全相反的杂合体；Ef在同一对染色体上的位置不同，不是等位基因．因此属于等位基因的是EE、ee、Ee．

故选：ABC．

【考点精析】认真审题，首先需要了解细胞核是遗传的控制中心(细胞核中的遗传信息的载体——DNA;DNA的结构像一个螺旋形的梯子)，还要掌握生物的性状与相对性状的概念(生物的性状:生物的形态结构特征、生理特征、行为方式；相对性状：同一种生物同一性状的不同表现形式)的相关知识才是答题的关键．