生命系统的结构层次：

（1）生命系统的结构层次由小到大依次是细胞、组织、器官、系统、个体、种群、群落、生态系统和生物圈。

（2）地球上最基本的生命系统是细胞。分子、原子、化合物不属于生命系统。

（3）生命系统各层次之间层层相依，又各自有特定的组成、结构和功能。

（4）生命系统包括生态系统，所以应包括其中的无机环境。

A、细胞是生命系统中最基本的结构层次，水和蛋白质分子等不属于生命系统的结构层次，A错误；

B、生态系统是生命系统的结构层次，生态系统包括生物因素和非生物因素，B正确；

C、细胞学说使人们对生命的认识由个体水平进入到细胞水平，C错误；

D、细胞学说是施莱登和施旺在总结前人成果的基础上结合自己的研究得出的，D错误。

故选B。