目的基因的检测与鉴定：

1、分子水平上的检测：

①检测转基因生物染色体的DNA是否插入目的基因--DNA分子杂交技术；

②检测目的基因是否转录出了mRNA--分子杂交技术；

③检测目的基因是否翻译成蛋白质--抗原-抗体杂交技术。

2、个体水平上的鉴定：抗虫鉴定、抗病鉴定、活性鉴定等。

A、通过PCR技术从甲体内的DNA中克隆出属于乙的编码叶绿体蛋白的核基因，这只能说明甲体内含有乙的编码叶绿体蛋白的核基因，但不能说明甲的染色体D NA上存在乙编码叶绿体部分蛋白的核基因，A错误；

B、通过核酸分子杂交技术，在甲体内检测到乙的编码叶绿体蛋白的核基因转录出的RNA，这只能说明甲体内含有乙的编码叶绿体蛋白的核基因且发生了转录，但不能说明甲的染色体DNA上存在乙编码叶绿体部分蛋白的核基因，B错误；

C、给甲提供14CO2，一段时间后检测到其体内的部分有机物出现放射性，这说明甲进行了光合作用，其中含有叶绿体，但不能说明的染色体DNA上存在乙编码叶绿体部分蛋白的核基因，C错误；

D、用乙编码叶绿体蛋白的核基因做探针与甲的染色体DNA杂交，结果显示出杂交带，这说明甲的染色体DNA上存在乙编码叶绿体部分蛋白的核基因，D正确。

故选D。