现代生物进化理论的基本观点：

（1）种群是生物进化的基本单位，生物进化的实质在于种群基因频率的改变。

（2）突变（包括基因突变和染色体变异）和基因重组产生生物进化的原材料；

（3）自然选择决定生物进化的方向。

（4）隔离是新物种形成的必要条件。

A、突变就能成为生物进化的原材料，A错误；

B、盲鱼眼睛的退化是黑暗环境选择的结果，B正确；

C、骡子不育，骡子不是新物种，C错误；

D、共同进化是不同物种之间，生物与无机环境之间，在相互影响中不断进化和发展，D错误；

故选：B。