结合题意和图中三种植物花色形成的生化途径分析可知：基因型为A_bb表现为蓝色，aaB__表现为红色，aabb表现为白色，而基因型为A_B_的花色待定。再结合“F1蓝色花植株自交,所得 F2植株中蓝色:红色:白花= 12:3:1”可知，由于符合“9:3:3:1”的变式，所以两对等位基因遵循基因的自由组合定律，且基因型A_B_和A_bb的花色都表现为蓝色，据此分析答题。

(1)根据实验结果可知,基因型A__B_、A_bb表现为蓝色,aaB__表现为红色,aabb表现为白色。基因型为A__B__时,酶A和酶B同时存在,表现为酶A控制的蓝色反应,很可能是因为酶A与白色底物的亲和力比酶B强。

(2)亲本是AaBB、aabb,F1是1AaBb:1aaBb,由于F1蓝色花AaBb自交后代出现了9:3:3:1的变式,说明两对基因位于两对同源染色体上,遵循自由组合定律。红色花植株aaBb自交,后代是3aaB__:1aabb,即3红色:1白色。

(3)假设B/b基因不是位于6号染色体上,植株甲等位基因B/b成对存在,等位基因A/a数量可能是2个或3个。植株甲基因型是aaBB(或aaaBB),与正常白色花植株aabb测交,F1是aaBb(或aaaBb),继续测交,F2是1aaBb:1aabb(或1aaaBb:1aaBb:1aaabb:1aabb),表现型是红色:白色=1:1另外,在上述分析中,红色花植株甲只有a基因、没有A基因,测交后代都不会含有A基因所以只需要分析B基因即可。假设B/b基因位于6号染色体上,植株甲基因型是aaBBB,与正常白色花植株aabb测交,F1中三体植株是aaBBb,产生的配子是1aBB:2aBb:2aB:1ab,继续与aabb测交,F2是1aaBBb:2aaBbb:2aaBb:1aabb,表现型是红色:白色=5:1。