A、根据题意，每个基因对高度的增加效应相同且具叠加性。并且麦穗离地27cm为aabbccdd，离地99cm为AABBCCDD，说明每个显性基因控制长度为9cm。子二代的表现型为63cm的小麦植株有四个显性基因，可能有多种情况，因此所占比例不是最小，A错误；

B、若F1(AaBbCcDd)测交，子二代显性基因从0到4个，表现型为27-63cm，B错误；

C、若F1(AaBbCcDd)与甲（AABbCcDd）杂交，子二代中显性基因数目在1-8之间，因此表现型在36cm-99cm之间，C正确；

D、若F1与乙杂交，子二代表现型在36cm-90cm之间，则乙的基因型中最少有一个显性纯合，最多3个显性基因。因此基因型有多种，D错误。

故选C。