基因重组的方式有同源染色体上非姐妹单体之间的交叉互换和非同源染色体上非等位基因之间的自由组合，另外，外源基因的导入也会引起基因重组；在农业生产中最经常的应用是非同源染色体上非等位基因之间的自由组合。

A.基因重组能产生新的基因型，没有产生新的基因，也不会产生新的性状，A错误；

B.非同源染色体上的片段交换属于染色体变异中的易位，B错误；

C.控制不同性状的基因重新组合可以形成多种基因型，C正确；

D.自然状况下，病毒和原核生物都不含染色体，也不会进行有性生殖，所以只会发生基因突变，不会发生基因重组和染色体变异，D错误。

故选C。