解：∵等差数列{an}的前n项和为Sn，且S3=6，S6=3，

∴ ，

解得a1=3，d=﹣1，

∴S10=10×3+ =﹣15．

故选：D．

【考点精析】通过灵活运用等差数列的前n项和公式，掌握前n项和公式：即可以解答此题．